1.信息化建设进程缓慢
信息化建设并不是指利用计算机和网络进行工作就是信息化建设，目前有的事业单位文书档案的信息化建设还停留在十分初步的阶段，他们只利用word和excel等进行文件的录入和管理，要知道文书档案的信息化建设不仅包括资料信息的录入还包括资料信息的管理，检索和传输。信息化进程慢的原因也在于對信息化建设的不重视，有些领导干部认为文书档案的工作是十分简单的工作，所运用的技术和设备不需要太先进，资金的投入不够，今面对如此庞大信息的涌入不更新设备和信息的化会严重影响工作效率。
2.对于文书档案的安全保护缺乏
事业单位的文书档案等资料中保存着大量的政府资料和个人的基本信息和隐私资料，对于事业单位的文书档案资料都需要进行严密地保护。在没有信息化的时候这些资料还可以放到比较隐秘的地方防止他人偷窃，但是信息化之后这些资料存在于计算机中，容易遭到黑客组织的入侵导致计算机系统或者网络的崩溃从而导致资料的丢失和被盗取。面对这些可能存在的安全隐患，目前有些事业单位缺乏相应的保护措施，他们文书档案的保密性不强，计算机网络安全技术不够先进，系统存在的漏洞那么面都这些种种安全隐患就会给黑客组织们带来可趁之机。
3.工作人员的专业素养缺乏
信息化技术是需要专业的人员来进行，需要专业的知识，必须要有一定专业知识才能够担任这个工作。例如正常人是不懂得如何给文件加密，面对黑客组织的侵入如何进行防护以及数据库的建立和运用。这些虽然不是科技的顶尖技术但是操作起来还是需要拥有专业素养的工作人员才能够执行。