档案整理是指将处于零乱的和需要进一步条理化的档案，进行基本的分类、组合、排列、编号、编制目录、建立全宗等，组成有序体系的过程。
更全面地说，档案整理是档案实体整理和档案内容整理的统称，是档案管理的一顼重要内容。档案内容整理，主要包括对档案文件的内容真伪的鉴别，对档案内容客观性的考证及编纂出版档案史料等活动。档案实体整理，主要是将零散的和需要进一步条理化的文件或档案，进行基本的分类、组合、排列、编目，组成有序的档案整体的工作过程。通常所说的档案整理，主要指档案的实体整理，它包括以下三方面的工作内容：
1.系统排列和编目
在正常条件下，档案室接收文书部门和业务部门按照归档要求立好的案卷，档案馆接收各机关按照入馆要求整理移交的案卷。档案馆和档案室的整理任务，主要是检查案卷质量，制订馆(室)内分类排列方案，进行案卷和全宗的系统排列以及案卷目录的加工。
2.局部调整
对已接收但不完全符合整理要求的案卷，进行必要的部分加工整理；对由于遭受损失、销毁与移出等各种原因致使整理体系发生重大变化的档案,进行新的系统化调整对必须接收和征集的零散档案，进行包括整理工作全部内容的系统化和编目。
3.全过程整理
档案整理要求保持文件之间的历史联系，便于保管利用。文件之间的历史联系是指文件在产生和处理过程中形成的内部相互关系，主要表现在文件的来源、时间、内容和形式等方面的联系。维护文件之间的历史联系有时可采用不同的方法，在优选时应以便于档案保管和利用为其最高要求，并使二者统一起来。
档案整理的过程
整理
按照一定原则对档案实体进行系统分类、组合、排列、编号和基本编目，使之有序化的过程。
来源原则
把同一机构、组织或个人形成的档案作为一个整体加以管理的原则。
档案实体分类
根据档案的来源、形成时间、内容、形式等特征对档案实体进行的分类。
立档单位
构成档案全宗的国家机构、社会组织或个人。
全宗
一个国家机构、社会组织或个人形成的具有有机联系的档案整体。
联合全宗
由两个或两个以上立档单位形成的互有联系不易区分全宗而作为一个全宗对待的档案整体。
汇集全宗
由若干个文件数量很少且具有某些共同特征或联系的小全宗组成的作为一个全宗对待的档案整体。
全宗群
由若干个具有时间、地区、性质等共同特征的全宗组成的群体.
案卷
由互有联系的若干文件组合成的档案保管单位。
立卷
将若干文件按形成规律和有机联系组成案卷的过程。
卷内备考表
卷内文件状况的记录单，排列在卷内文件之后。
档号
以字符形式赋予档案实体的用以固定和反映档案排列顺序的一组代码。