首先，要准确界定工程档案的批次，工程档案资料的批次划分往往是整理及应用的第一步，只有在前期准备工作中确定好不同资料的划分，在之后的工作中才能更好的进行统计，在没有特殊情况的时候单份文件可作为一批次进行整理，而一些相关性比较强的文件则可以多个组成一批次进行保存。

第二，要确定归档范围和档号编制具体方法。工程档案资料的整理工作十分重要，工作人员需要牢牢把握住工程档案归档的原则和规定，一般情况下比较常见的工程档案号编制次序为全宗号-项目编号-归档单位编号-保管期限-件号。

第三，要做好工程档案资料编号的监督。工程项目的档案整理工作人员应该严格遵守相关的工程编号方式，结合建筑工程施工的实际情况和进度，做好档案信息的归档和整理，另外还需对一个施工步骤中的不同分类工程进行处理，使之存在明显的连贯性，不能出现顺序杂乱等问题。

第四，要确保档案顺序的标准化。具体来说可以按照以下方式进行：对档案进行分类处理，并且做好目录设置，档案管理人员需要根据不同许可证号分辨工程单位，而后以此为基础确定档案材料的归类标准，并且将档案材料的名称和序号记录在册形成目录；而后需要对档案材料进行整体性的处理，根据档案上交的时间和内容，进行仔细的整理，对分散资料进行排列和装订，使之成为标准化的档案；最后就是要将整理结束的档案做好信息录入，尽最大可能保持档案资料的状态。

第五，要尽快完善配套的档案信息化系统。在信息技术不断进步的今天，各种社会事业的发展都与信息技术相挂钩，信息技术本身也确实发挥出了极其可观的积极作用，尤其是在档案管理中，工作人员借助信息技术的强大功能即可达到缩短时间、提高效率的工作目标，毫无疑问利用信息技术进行工程档案整理有着积极作用。因此，在今后的发展中，施工单位需要加大资金投入，积极引进先进的软件系统及硬件设备，保证档案整理和应用的便捷性