事业单位文件材料整理工作内容主要包括：全宗内档案的分类、组卷、卷内文件的整理、案卷的装订和案卷目录的编制等，具体的整理方法如下：

（一）文件资料整理的方法

首先，要实现文件保存价值的有效区分，对文件进行分卷整理。根据相关法律条文规定，处于不同保管期限的文件材料，要根据保管时间的长短来对其价值进行区分。其次，本单位内的党委文件要和行政文件材料相区分，并分别立卷存档。例如某市人社局，在收到或者拟定相关党委文件时，有指定工作人员对相关业务进行接手并处理，有效避免与行政事务文件混淆。再次，不同年份的档案文件不能一起立卷。另外，很多事业单位中存在加密档案，对于这种文件，工作人员应该与普通文件区分开，秘密文件中的规范和要求与普通档案要求不同，如果不进行分开立卷，可能会造成文件内容的泄露，为事业单位带来巨大损失。最后，对特殊载体的文件要和文字文件一样，进行统一的归档整理，这样可以保证特殊文件不受破坏。

（二）档案的分类方法

档案的分类主要是依据一定的标准，按照档案来源、时间、内容和形式特征的异同点，对档案进行有层次的区分，并形成相应的体系。换言之是对整理好的文件进行保管、排架、存放等，即是对档案进行管理分层。这里所说的档案分类主要是指实体分类。在档案实体分类中，第一层是国家全部档案宏观分类，它为规划国家档案馆网系统，建立各级各类档案馆提供理论依据。第二层的分类是档案室内区分全宗。第三层的分類是全宗内档案分类，它根据全宗内档案的来源、时间、主题内容和档案的形式等标准，将全宗内档案进一步系统化，直至建立起档案的最小保管单位—案卷。归档文件材料的整理就是进行这样的分类。

（三）档案的编目方法

以案卷级进行整理时，卷内文件整理结束后，要对案卷封面项目进行标注，狭义的编目是指结归档文件编制引导目录等工作。归档文件目录包括件号、责任者、文号、题名、日期、页数和备注七项。广义的编目还应该包括对档号的编制，档号是档案实体管理编号的总称，它包括全宗号、类目名称、卷盒号或案卷号、保管期限、件号和页张号等，其中全宗号是档案室指定给每个全宗的代码，案卷号是档案室内案卷排列的顺序号，件号是卷内文件的顺序号。页（张）号是卷内每页文件的顺序号。