1.档案管理信息化建设速度缓慢
科技飞速发展的同时，建筑工程档案信息化建设也在加快进程，虽然大多数建筑企业已经加大了重视程度以及资金的投入，但根据调查结果可以发现，目前我国建筑工程档案信息化管理的发展速度仍然落后于经济建设的脚步，并未建立好工程建设的相关标准。由于档案来源地区不同，导致信息分散难于管理。除此之外，许多建筑企业仍然依赖传统的纸质档案，而忽略了信息化建设。
2.对档案管理信息化的重视度不够
现阶段，我国建筑工程档案信息化管理建设还处于起始阶段，存在诸多不足，具体包括：案卷质量不高，缺乏搜索工具，专业档案管理人员技能不过关，从业数量不多，处理档案管理事务时违规操作，严重阻碍了档案信息化管理建设的进程。同时，国家相关法律制度不够完善，档案信息安全得不到保障。许多建筑企业存在着“重施工，轻管理”的现象，造成档案收集、整理、移交、存档等工作无法与工程施工同步，档案管理工作仅仅流于形式。
3.档案库房不足
档案库房不足是当前建筑工程企业档案管理面临的问题之一，尽管绝大多数建筑工程企业都配备了管理档案的办公设施，但专门用于存放工程档案的办公用房却严重不足，甚至没有，工程档案与公司的文秘、行政档案一同存放，难以对其进行有效的保护与管理，档案库房的不足为建筑企业工程档案的采集、整合、使用造成了很大影响。