1、选择的分类标准交叉。如在选择分类方案时，既使用“机构”，又使用“问题”标准（如综合类、业务一科、业务二科等，其中的“综合类”为“问题”标准，“业务一科”等为“机构”标准）。按这种方法设置的类目整理归档文件，容易造成文件材料的分散，影响检全率。
2、在编制分类方案时，设“会议类”（如按“机构”设置办公室、业务一科、业务二科等类目，在办公室类下设置会议类；按“问题”设置党群类、行政类、业务类，在行政类下设会议类）。按这种分类方案对文件归类时，必然致使业务一科或业务类的业务会议文件材料归到办公室或行政类的会议类中，从而破坏了业务机构或类目中归档文件的完整性。
3、采用级次分类法，收文、发文分类法，文号分类法进行分类。《规则》规定，归档文件材料采用年度、机构或问题、保管期限这些标准进行分类。采用级次分类法、收文发文分类法、文号分类法都没有执行全国统一的分类标准，没有体现归档文件间的历史联系及形成规律，没有反映归档文件的内容，从而造成检索上和存取上的困难。
4、当采用机构分类标准时，完全按归档文件署名的责任者归类，如署名为办公室的属业务一科职能的归档文件归入办公室。这种错误的原因主要是不了解现行文书处理办法中规定发文部门只能以本单位党、政机关、文秘部门名义、而不能以其他以其他业务部门名义。因此，业务部门的业务文件只能以整个机关或文秘部门名义制发。为了保持业务部门的完整性，增加业务部门归档文件的检全率，应将以办公室名义制发的属业务部门职能的归档文件归入业务部门。