目前，我们已经进入了一个全新的时代，档案整理工作应该与时俱进，但是从目前来看，档案整理工作还存在一些不容忽视的问题，具体体现在以下几点。
1、对档案整理工作缺少全面认识
如今还有一些工作部门没有全面认识档案整理工作的重要价值，认为档案整理工作只是将档案收集在一起就可以了，对其没有投入应有的人力和财力，这导致档案整理工作只是停留于表层，没有落实到实处。这方面问题具体体现为档案整理工作的专业人员比较缺少。已有的在职人员也没有充分意识到档案整理工作的技术、技巧和重要价值，对档案管理工作不够重视。不少工作人员认为要想在档案整理工作方面做出业绩是比较困难的。所以他们没有投入更多的精力在提升档案整理工作质量上面。
2、档案整理方法不够科学合理
从目前来看，一些工作部门的档案整理工作的方法、方式还是比较传统的，他们用手工方式将档案收集在一起，然后按照时间或者内容的方式将档案进行分类。这种传统的整理方法花费的时间较多，效率有待进一步提高。工作人员没有使用数字化、科学化的方法整理档案，这样不利于发挥档案在工作中的真正价值。
根据上文分析可以看出，一些工作部门的档案整理工作确实存在一些不容忽视的问题。工作人员要正视这些问题的存在，意识到21世纪是一个数字化时代，要在档案整理工作中注入新型技术的应用，实现档案整理工作的优化升级。