1 事业单位对文件管理工作不够重视
尽管先进的档案管理工作对事业单位的效率和快速发展有着明显的重要作用。然而，档案管理工作的性质注定不是一件值得人们注意的工作。它不能直接为机构创造明显的利益。这种忽视表现在两个方面。一方面是对事业单位领导干部的忽视，另一方面是对事业单位档案管理人员的轻视。
2 机构档案管理人员的素质不高
公共机构事业单位的档案管理人员要么没有高薪，要么有多个工作。他们往往没有受过专业训练和指导，他们可以用自己的日常经验或口口相传来上岗。但是，文件管理工作缺乏专业知识，既繁琐，又容易混淆，严重制约着事业单位的工作效率。
3 事业单位的档案管理无法及时更新
档案管理的更新也体现在两个方面。一是退休人员的档案不能及时汇总，二是新的档案不能及时更新到档案馆。在人事变动过程中，如果档案管理工作不能及时妥善移交和及时更新，将导致大量档案成为“死档”和“弃档”，也就是档案整理中信息量的增加。它也增加了查找档案的工作量，这是不科学的，更不用说工作效率了。
4 事业单位档案管理制度不健全
由于公共机构的档案管理不能给事业单位带来明显的好处，档案管理工作的发展特别繁琐，耗时耗力，机构不愿加大对此类工作的投入，导致许多事业单位没有完善的规章制度，或者实施不够。从事文件管理工作的员工可以自由发挥，无法跟上业务部门的步伐。
5 事业单位档案管理缺乏高科技管理模式
在实际工作中，许多机构没有引进高科技设备来规范档案管理意识，计算机技术在档案管理过程中也没有得到广泛的应用。许多机构把重点放在档案管理和手工操作以及纸质文件的整理工作上，使科学的档案管理沦为一句口号，一张空白的纸，无法实施。