以纸张为介质的纸质档案和以新型载体材料为介质的电子档案，是档案信息存储的传统与现代化标志，前者以其强有力的生命力作为档案信息主要存储介质至今仍然行使着历史使命，得到档案工作者的广泛认同；后者是档案现代化的标志，是电子计算机在档案管理中应用的产物，预示着档案管理工作未来的发展方向，日益为档案界所关注。认识和掌握各自的特点和存储的规律，对调整和制定相应的管理策略，改进档案管理模式，促进档案管理多元化发展，具有一定的指导作用。
一、载体寿命的差异
纸张的耐久性取决于纤维素的性质，尽管纤维素在一定的条件下(如高温、高湿、酸、酶、氧化剂等)，可发生水解和氧化反应，但只要我们在档案保护过程中，注意排除发生两大化学反应所需要的条件，就可以使纸质档案的寿命达到上百年甚至上千年。
电子文件的载体材料是磁性物质和光盘。磁盘和磁带的支持体是聚酯底基，聚酯底基具有易产生静电而吸引尘埃导致卷曲、易与磁粉脱离、伸长后不易恢复等缺点；粘和剂起着连接底基和磁粉的作用，它具有易热胀冷缩、磨损、脱落、粘连、生霉等缺点，直接影响信息再现；磁粉中的磁性氧化物颗粒的剩磁感应强度是记录和再现信息的决定因素，它极易受外磁场影响而导致退磁、消磁等。一般来说，硬盘的的寿命约为5-15年，磁带的寿命约为30-100年。
光盘是利用激光进行信息存取的，它呈圆盘状，由盘基、记录介质和保护层等部分组成。目前光盘常用的记录介质主要有碲、碲合金、硒、碳铝化合物以及一些在激光热效应作用下易产生物化性质变化的材料。这些材料不稳定、易氧化、易与碱溶液发生反应。一般光盘的寿命约为15-40年。
二、环境条件影响的差异
1、温湿度影响的差异。不适宜的温湿度对磁性载体、光盘和纸张均有影响。对纸张而言，高温高湿，可促进纸张发生水解——氧化反应，加速纸张内部不利化学成分对纸张的影响，也可使字迹材料发生扩散、洇化现象。而在环境温度过高或过低情况下，磁性载体的支持体材料聚酯底基易膨胀或收缩变形，光盘载体中使用的塑料、铝和多碳材料也会弯曲变形，影响激光束精确定位和数据的读写。当环境湿度过高时，光盘、磁盘和磁带会受潮生霉，造成载体上所记录信息局部丢失，大大降低了载体的寿命。可见，温湿度对电子文件和纸质档案的影响程度是不同的。
２、灰尘影响的差异。灰尘对纸张的危害主要是机械磨损纸张、使纸张发生粘结而形成“档案砖”、给纸张带来霉菌等。灰尘对电子文件载体的损坏主要有物理损坏、化学损坏和生物损坏。物理损坏是指污染、划伤磁盘、磁带、光盘表面，造成记录信息的损毁；化学损坏是指灰尘中所含的化学成分会不同程度地引起磁盘、磁带、光盘载体腐蚀、降解等化学作用而毁坏，造成记录信息消失；生物损坏是指灰尘是霉菌孢子的传播者，也是霉菌的培养基、繁殖地，霉菌分泌的酶和有机酸会损坏磁性载体和光盘，使数据丢失。
综上所述，灰尘均可以损坏纸张和电子文件载体。只是对纸张而言，即使灰尘已经对其产生实质性的损害，如磨损纸张、形成“档案砖”、产生色斑和霉斑等，也可通过修复手段在很大程度上恢复其所记录信息。而灰尘一旦对电子文件载体造成危害，载体上所记录的信息可能会局部丢失，在计算机系统上便无法读出原始信息，使电子文件失去保存价值。因此，防止灰尘对电子文件载体的危害有特别重要的意义，在电子文件形成和使用过程中，要采取严密的防灰尘措施。
３、外来磁场和机械震动影响的差异。磁场和机械震动对纸质档案无任何影响，而外来磁场作用于磁性载体，能使磁性涂层的剩磁发生消磁或磁化，造成信号失落或信噪比降低，破坏记录信息，影响读出效果。此外，强烈的机械震动也会影响磁性载体材料中磁分子的排列次序，造成剩磁衰减，从而破坏记录信号。
４、光线和有害气体影响的差异。光线和有害气体对纸张的危害主要是促进纸张发生水解反应，导致纸张强度的降低。有害气体和光线（特别是紫外线）对电子文件的破坏力很大。有害气体主要是二氧化硫、硫化氢、二氧化氮和氯气等，具有酸性和氧化性，在一定条件下，会腐蚀、破坏磁性载体和光盘，致使盘基和带基老化、变质和磁粉脱落，从而使电子文件信息丢失。
光线能使电子文件载体材料发生光氧化反应，使盘基和带基老化、强度下降。同时，紫外线的能量足以破坏磁性载体的剩磁的稳定性，导致信号衰减，影响磁性记录信息的读写效果。
三、技术寿命的差异
纸质文件一旦形成，其制成材料――纸张、字迹材料、字迹三者永远结合在一起，它的寿命与其内部诸因素和保护环境条件有关。而电子文件的寿命不仅与其内部诸因素和保护环境条件有关，更与技术革新有关。因为电子文件是通过计算机将信息与载体结合在一起而形成的，必须通过计算机才能识读。一旦技术过时，则载体上的信息就无法读出。
四、信息保护的差异
纸质档案保护工作的目标是使档案的载体――纸张“延年益寿”，因为载体和记录的信息是结为一体的，保住了纸质文件的形体，以文字记录的信息就得以保存。对电子文件而言，信息与载体是可分离的，电子文件信息与载体的可分离性使文件信息随时面临着被修改、盗窃，甚至被销毁的危险。此外，电子文件信息保护方面还面临一个不可忽视的隐形杀手――电脑病毒。电脑病毒是一种程序，它通过修改其它程序，并把自身的拷贝嵌入而实现对其它程序的传染。因此，如何保护信息不受损害是电子文件保护的重要课题。