档案整理应以维护历史原貌为宗旨。档案整理理论是现代档案学理论体系的一个重要组成部分。在档案实践中，零散形成的文件只有经过档案整理的过程，建立起它们之间的历史联系，才能成为真正的档案。档案整理既是一个过程，又是一个体系。
一个成熟的理论体系应当拥有四个层次，即：实践理论、应用理论、基础理论和理论内核.。从档案整理的实践的角度说，档案的整理工作，就是将处于零乱状态的和需要进一步条理化的档案，进行基本的分类、组合、排列和编目，组成有序的体系。从基础理论的角度看，档案整理是利用文件实体及其历史联系的记录来记录历史的过程。这里，有必要说明历史联系的定义。经典档案学认为，历史联系来源于档案与文件之间的一维关系;而现代档案学认为，它来源于社会实践。由于档案的历史联系来源于构成档案的文件之间的历史关系，而文件是来源于社会实践的，文件之间的历史关系也就来源于社会实践，所以档案之间的历史联系也来源于社会实践。社会实践不是线性的结构，它是多维的。所以档案整理不应该是像经典档案学一样只注重实体整理，而是应该体现其多维性：即进行虚拟整理。
档案整理是构成档案理论内核的元素，是最富实践性的。因此，档案整理是档案理论内核的实践基础。只有从基础理论的角度认清档案整理，才能更好地指导实践工作。