本科和专科的学历层次是不同的，所以档案材料肯定会存在差异，一般本科档案中的材料会比专科档案中材料较为丰富些。
大学专科教育主要有高职和高专两种，高等专科学校即普通高等学校里就读专科专业的学生，即毕业就能获得大学专科学历，还有一些本科院校也会开设一些专科专业。大学专科是以培养技术型人才为主要目标，知识的讲授是以能用为度，实用为本。而本科相对而言是更偏重于理论上的通识教育，而非应用上的专业教育和实际技能。
所以，本科毕业生一般可获得毕业证书和学士学位证书，少部分学生因成绩或综合评价未符合要求只能获得毕业证书。毕业后本科档案一般会托管到人才市场或者打回原籍。
大专档案与本科档案除了材料存在差异，本科档案多了学位申请表和毕业论文答辩书，因为专科没有学士学位，所以没有这两种材料。其他方面，关于档案托管、调转、审核其实都是一样的，没有很大的区别。