档案在使用过程中需要调卷、查阅、还卷，这对档案的物质载体将造成一定损坏，影响档案的寿命，同时，还不可避免地存在其他安全隐患。因此，制定相应的保护制度，必须采取适当的保护措施。
一、档案在利用过程中的保护制度
(1)档案使用登记和交接制度。档案出入库时对调卷、还卷及交接行为进行登记，签收手续必须清楚、严格。
(2)档案利用行为规范制度。包括对档案利用行为方式的规范及防止不良行为，如禁止在档案上勾画、涂抹;禁止擅自将档案带离规定的使用场所;未经允许，任何人不得擅自拍照、抄录、复印档案;对于损毁档案的行为应有严明的惩罚措施。
二、档案在利用过程中的保护措施
(1)数量与顺序的控制。当档案利用数量过大时，应分批定量提供，并要求利用者在使用过程中和交还档案时保持原排列顺序，以免发生混乱。
(2)对档案利用行为的监督和指导。外部利用者利用档案时，档案馆(室)应安排工作人员在利用现场进行监督和指导，发现问题及时指出和纠正。
(3)档案利用方式及利用场所。档案既可以现场阅览，也可以通过网络、邮政、电子邮件、传真、电话等方式进行利用和查询。现场阅览的场所应为集中式大阅览室，便于管理。而通过档案馆主页进行网上检索或通过电子邮件进行咨询的，应采取相关的网络安全保密措施。
(4)珍贵档案利用过程中的保护性措施。珍贵档案在利用过程中应采取严密的保护措施：一般提供缩微品或复制件，不提供原件;利用时应特别监护;复制时应采取严格的限制措施和保护性措施。