第一，档案保管和利用的基本原则。
在档案有序化管理过程中，应首先满足档案的安全性，其次要体现出档案的作用。目前，计算机技术已经应用到档案管理中，实现了将不同分类中同一事件的档案信息快速检索出来，成为迄今为止保持归档文件在档案信息中的联系的最有效方式，实现档案的成套应用。
第二，遵循文件形成规律原则。
事业单位档案是在事业单位各项学习活动中产生的，真实地记录和反映情况了事业单位活动的历史面貌。文件材料整理工作应维护事业单位工作内在有机联系的整体性，顺应文件材料自身的形成特点和规律。其中，包含以下三层意思，在整理文件材料时，注意活动的整体性，如：要求正式会议、某项活动形成的文件要保持其齐全完整，要注意文件本身要完整、像文件的正文与附件、请示与批复不可分割，即注重文件材料之间的内在联系点；三是在对文件进行分类和排列时保持文件材料之间固有的自然次序，如归档文件整理依照会议通知、报告、决议，重要文件的初稿、讨论稿、修改稿等自然形成过程加以排列。
第三，档案保存工作的基础原则。
在档案管理中，不论是本单位产生的，还是上级单位下发的相关材料和指示，都与文件材料来源产生了不可分割的联系。因此，保持文件的来源清晰，成为了档案保存工作的重要基础原则，包括文件的时间、内容等方面的联系，这样，才能体现出档案记录历史的特点。事业单位档案在形成过程中包含着很多他人的劳动成果，也能直接体现出档案之前的整理情况。因此，在事业单位档案保存工作中，应该做到不拆卷整理。部门整理归档的档案，应对原卷进行仔细研究和检索，对之前整理中的错误之处进行纠正，确保档案文件整理工作的有效进行。