档案部门要对拟数字化的档案进行涉密性、完整性、有序性及档案实体与目录的一致性检查。涉密档案要予以筛除，档案实体破损、残缺的要进行登记与处理，档案实体与文件目录不对应的要进行必要的记录或标示。
档案部门人员应按照工作计划分批调档，并与数字化服务机构的档案接收人员进行清点、核对，双方确认准确无误后填写档案交接清单一式两份，注明交接档案的内容、数量、状况、交接时间和经办人等。
档案数字化加工不得损毁档案，出现档案损毁的，需按有关规定进行处罚，并进行修复和登记。需要拆装档案时，应尽可能地保持档案原貌。
档案数字化过程中要建立档案流程单，流程单包括档号、加工工序、设备编号、数量、经手人、加工时间等，数字化加工过程中档案流程单应与档案实体同步流转。
档案数字化过程中发现有涉密标识且无解密标识的档案，数字化外包服务机构应停止该档案的数字化加工，在登记目录后立即将档案移交档案部门。
正在进行数字化加工的档案必须每天入库（柜），不得在加工工位上留存过夜。
数字化档案要专人专柜保管，数字化加工完毕的档案要及时归还入库。对于离库时间较长或有虫霉隐患的档案，应进行消毒杀虫处理。